Werner Baumann ist im Vorstand der Bayer AG verantwortlich für Finanzen und außerdem zuständig für die Region Europa.
Baumann wurde am 6. Oktober 1962 in Krefeld geboren. Nach dem Studium der Wirtschaftswissenschaften in Aachen und Köln trat er 1988 in die Bayer AG ein. Im Werk Leverkusen übernahm er seine ersten Aufgaben im Ressort Konzernfinanzen. 1991 ging er als Controller zur Bayer Hispania Com. nach Barcelona, Spanien. Hier wurde er 1995 Assistent der Geschäftsführung.
Ein Jahr später wechselte Baumann zur Bayer Corporation nach Tarrytown, USA. Dort leitete er zuletzt die globale Organisation Business Planning & Administration für den Geschäftsbereich Diagnostika.
Im Juli 2002 kehrte Baumann nach Deutschland zurück und wurde Mitglied des Executive Committees und Leiter Central Administration & Organization von Bayer HealthCare. Im Oktober 2003 erfolgte die Berufung in den Vorstand des neu gegründeten Teilkonzerns Bayer HealthCare AG, wo er außerdem die Funktion des Arbeitsdirektors inne hatte. Zudem begleitete Baumann als Vorstandsmitglied und Arbeitsdirektor von Bayer HealthCare Pharmaceuticals von 2006 bis September 2009 die Integrationsphase des Unternehmens in den Teilkonzern. Zum 1. Januar 2010 wurde er in den Vorstand der Bayer AG berufen.
Werner Baumann ist verheiratet und hat vier Kinder.